Jun Märkl is even bedreven in het symfonische repertoire als in het genre van de opera. Hij is hoofddirigent van het Basque National Orchestra en stond als gastdirigent voor onder andere het Cleveland Orchestra, het Philadelphia Orchestra, het NHK Symphony Orchestra, de Czech Philharmonic en de Münchner Philharmoniker. Tot 2006 was hij als permanent gastdirigent verbonden aan de Bayerische Staatsoper in München. Verder dirigeerde hij de orkesten van de Deutsche Oper, de staatsopera’s in Wenen, Berlijn en München en het New National Theatre in Tokyo. In 2012 ontving hij van het Franse Ministerie van Cultuur de titel van Chevalier de l’Ordre des Arts et des Lettres, volgend op zijn cyclus van negen cd-opnames met muziek van Debussy.